Het maken en installeren van windmolens kost energie en grondstoffen. Maar deze energie is heel snel terugverdiend. Na drie maanden heeft de molen al net zo veel energie geproduceerd als de fabricage ervan heeft gekost. De rest van zijn levensduur van 15 tot 20 jaar produceert de windmolen CO2-vrije energie. Veel van de materialen die worden gebruikt voor het bouwen van windmolens kunnen worden hergebruikt als de molen aan het einde van zijn leven is. De effecten op de natuur van windmolens zijn beperkt als ze worden gebouwd buiten natuurgebieden en trekvogelroutes.

Om alle Nederlandse huishoudens van zeestroom te voorzien is een ruimte van 31 bij 31 kilometer nodig. Dat is slechts 1,5 % van de oppervlakte van het Nederlandse gedeelte van de Noordzee. Er is dus voldoende ruimte, ook al wordt de Noordzee ook gebruikt voor de scheepvaart, olie- en gaswinning, visserij, defensie en natuurlijk: de natuur. Het gerenommeerde architectenbureau van Rem Koolhaas, OMA, heeft een masterplan gemaakt voor Zeekracht, waarin wordt aangetoond dat windenergie, natuur en scheepvaart uitstekend samen kunnen gaan op de Noordzee. Met een goed ruimtelijk plan voor de Noordzee kan de overheid ervoor zorgen dat de verschillende belangen elkaar niet in de weg zitten.
Klik hier voor meer informatie over het masterplan.

Windmolenparken hebben effecten op de natuur, vooral tijdens de bouwfase. Tijdens het heien van de fundering van de molens treden geluidpieken op die schadelijk kunnen zijn voor dieren in zee. Vogels kunnen het slachtoffer worden van de wieken van windmolens.
Maar windmolens hebben ook positieve effecten op de natuur. Windmolens zijn heel belangrijk om de klimaatverandering tegen te gaan. Klimaatverandering brengt veel schade toe aan de natuur. De Engelse vogelbescherming (Royal society for protection of birds, ca. 1.000.000 leden) heeft recent geconcludeerd dat de klimaatverandering meer schade toebrengt aan vogels dan windparken. Voor het onderwaterleven in de zee vormen windmolenparken een soort rustgebied omdat er niet meer wordt gevist.

Als de molens worden gebouwd, is er onrust, geluidsoverlast en wordt de bodem omgewoeld. Vaak wordt de fundering van de molen geheid en dat heien geeft veel herrie en hoge druk. Als de molens eenmaal draaien is er onder water eigenlijk een mooi nieuw rustgebied ontstaan. Er kan niet meer worden gevist. De fundering van een molen is vaak een populaire plek voor schelpdieren, algen en wieren (het zogenaamde kunstmatige rif). Dat trekt weer andere dieren aan. De beheerders van het Prinses Amaliapark zien bruinvissen (een dolfijnensoort) tussen de molens zwemmen.
 

Het blijft onduidelijk welke gevolgen het heien op zee precies heeft voor het onderwaterleven. Heien geeft  veel geluid en hoge druk. Onderzoek in Amerika in 2001 heeft laten zien dat vissen die vlakbij vast zaten in kooitjes en dus niet weg konden zwemmen, het heien van een fundering voor een brug niet overleefden. Het heien voor een windpark kan in de directe omgeving dodelijk zijn voor vissen en zoogdieren. Om dit zo veel mogelijk te voorkomen, wordt er voor het heien een geluidssignaal gegeven (‘pingen’) dat de dieren waarschuwt en ze wegjaagt. Dat lijkt voor volwassen vissen en zoogdieren te werken, maar helaas niet voor de larven (hele jonge visjes). Om de schade aan larven te beperken is het belangrijk het heien zoveel mogelijk te beperken tot periodes met weinig larven. Maar bedenk wel: vissen zijn ook slachtoffer van de klimaatverandering. Windmolens zijn een belangrijk middel om de klimaatverandering tegen te gaan. Verder is de schade aan de visstand door de bouw van windturbines tijdelijk en véél kleiner dan die door de beroepsvisserij.

Daar wordt hard naar gezocht en mee geëxperimenteerd. Een van de mogelijkheden die wordt bekeken is een enorme betonnen voet die op de bodem wordt geplaatst en die heien overbodig maakt. Ook wordt er onderzoek gedaan naar het boren van de fundering als vervanger voor het heien. En verder zijn er mogelijkheden om iedere molen niet op 1 grote maar op 3 kleinere poten te zetten zodat er minder zwaar geheid hoeft te worden en dus minder geluidsoverlast is. Tenslotte is er inmiddels ook een drijvende windmolen die de Noorse energiemaatschappij Statoil  in 2009 heeft geïntroduceerd. Deze windmolen zit met kabels aan de zeebodem verankerd.

Het aantal vogels dat slachtoffer wordt van windmolens op zee, is heel erg beperkt. Er worden alleen vergunningen gegeven voor windmolens buiten de trekroutes van vogels. Zo wordt voorkomen dat grote groepen vogels in de buurt van de molens komen. Verder blijken de meeste vogels de wieken te ontwijken.

Biologen van IMARES hebben onderzoek gedaan naar de effecten van windparken en weinig gevolgen kunnen vaststellen.